První případy ohniska encefalitidy jsou hlášeny v New Yorku 23. srpna 1999. Sedm lidí umírá na to, co se ukáže jako první případy viru West Nile ve Spojených státech.

V srpnu 1999 byla diagnostikována skupina osmi případů encefalitidy u St. Louis u pacientů ve čtvrti Queens v New Yorku. Náhlé případy kritického otoku mozku byly zjištěny výhradně u starších lidí. Asi ve stejnou dobu si lidé všimli nadměrného počtu mrtvých vran v celém městě. Byli také nalezeni další ptáci, včetně exotických odrůd umístěných v zoo Bronx.

K vyšetřování bylo svoláno Centrum pro kontrolu nemocí (CDC). Zjistili, že virus Západního Nilu, který se dříve vyskytoval pouze v Ugandě a na Středním východě, byl v celé oblasti stahován ptáky, včetně robin, kachen a orlů. Kromě ptáků a lidí je také známo, že koně jsou náchylní k viru, který se šíří komáry.

Po dalším vyšetřování se oběti domnívaly, že encefalitida St. Louis byla skutečně infikována West Nil. To způsobuje příznaky podobné chřipce a může být smrtelné u starších i malých dětí. Do konce léta bylo v New Yorku 56 potvrzených případů West Nile, ačkoli CDC odhaduje, že 80 procent lidí infikovaných West Nilem nevykazuje žádné příznaky, a proto by nevyhledalo lékařskou pomoc.

V následujících letech se virus Západního Nilu pohyboval po Spojených státech stále na západ.